Un faible pourcentage de médecins torture leurs patients, en font leur expérience, profitent de leur pathologie pour les étudier. C'est ce qui amène certains patients à se révolter. Quelques bagarres ici et là se déclenchent mais sont vite atténuées.
On pense oublier assez vite ce qui se passe mais lorsqu'un patient meurt suite de ses blessures – que l'Institut niera –, un petit groupe de rebelles, fidèles lecteurs du journal clandestin, décide d'enterrer symboliquement ce patient dans la forêt ; ils sont finalement repérés et la forêt brûle pendant leur arrestation. Aujourd'hui, l'endroit est une vaste plaine où repoussent doucement les arbres.
A partir de ce moment, les patients se font plus petits mais leur colère ne fait qu'accroître. Mais deux patientes tentent encore et toujours de se faire entendre. L'une tue malencontreusement un vigile, et l'autre est aussitôt accusée de complice de meurtres. Le docteur Elpida, médecin en chef et fils du directeur de l'Institut, créée alors l'asile et une nouvelle catégorie de patients : les Z. Est alors organisée une fête en l'honneur de cet asile – qui est en réalité une excuse pour y jeter les patients les plus perturbateurs – et sont même invités des journalistes. Les quelques tentatives de rebellions lors de cette fête sont tuées dans l’œuf.
Tout se poursuit sur l'île plus ou moins tranquillement. Les fêtes de fin d'années se déroulent plutôt biens. L'organisation est également refaite : les catégories autrefois A, B et C sont revues pour devenir W, X, et Y.
Mais l'hiver rude profite à trois patients – la météo étant capricieuse sur l'île : il fait caniculaire l'été et monstrueusement froid l'hiver – qui essaient de s'évader. Parmi eux : un patient X, un patient W et une patiente Z. Mais cette dernière est finalement attrapée par un médecin. Et lors de sa sanction publique, tout dérape et elle décède de la main du dit-médecin devant tout le monde.
Le médecin est blanchi grâce au docteur Elpida après quelques manigances de sa part.
Mais rien n'est mort. Dans l'ombre, le Journal Clandestin n'est plus seul … Deux patients terrent dans une caverne un lieu où les patients peuvent accomplir des missions …
L'été trop aride est de nouveau là. La forêt reprend doucement ses droits après un an.

Les patients s’organisent pour la Révolution. Grâce au Journal Clandestin et à la Grotte Clandestine, ils avancent petit à petit. Tandis que Ophelia, alias la Cannibale, aidée de Kan arrive à mettre la main sur une carte maritime permettant de rallier le continent, d’autres réussissent à ramener du matériel et Alexander parvient même à faire passer une lettre en dehors de l’Institut sans passer par la censure en ayant réussi à gagner la confiance de sa médecin. Malheureusement, l’Institut est aussi plus vigilant. Depuis Janvier, c’est Donatien Elpida qui a repris la direction et ses directives sont claires : désormais, c’est politique zéro tolérance. Déjà pour Halloween, il avait tenté de débusquer l’auteur du Journal Clandestin lors d’une fête déguisée, sans succès. Mais cela a au moins eu le mérite de détourner ses soupçons de sa secrétaire, Mademoiselle Dessanges. Désormais, les couloirs sont remplis d’affiches annonçant les sanctions et les « crimes » des patients ainsi que de la propagande pro-Institut.
Plusieurs patients ont fait les frais de ce durcissement. Zyra, surnommée la Walkyrie, se retrouve au prises avec Etienne, le molosse de Madame Dubois, après qu’on ait découvert une page du Journal Clandestin dans sa chambre. Aeden est également soupçonné d’en savoir plus qu’il ne veut bien le dire au sujet du Journal Clandestin, mais il réussit à détourner l’attention sur Loreleï, la patiente décédée, et Jimin Lee, une médecin qui a démissionné, mais aussi malencontreusement sur W05. De son côté, la lettre d’Alexander a finalement été interceptée, ce qui lui vaut un séjour dans la cellule d’Asile de sa sœur. Mais alors que cette sanction avait pour but de briser toute velléité de rébellion,  cette semaine d’enfermement n’a fait qu’augmenter sa détermination à mener la vie dure à l’Institut. Aussi accepte-t-il la demande que lui avait fait Adèlys. Reprendre le Journal Clandestin après son départ. Départ qui laisse une drôle de sensation auprès de certains proches. Donatien aurait-il laissé sa patiente préférée le quitter aussi facilement ?
Entre-temps, l'histoire se répète pour W05 qui met au monde une petite fille le 1er avril 2019, suite à un déni de grossesse. Leur situation est en suspens.
Donatien Elpida décide également de supprimer le moindre temps libre des patients afin d'étouffer les envies de Révolution. Cela n'empêche pas des patients comme Nevrabriel, La Cannibale ou Walkyrie de se battre en secret. Depuis janvier, les preuves s'accumulent et petit à petit, la Révolution prend forme ...

En un an, la vie semble se dérouler avec simplicité sur l’île de l’Institut. Entre histoires d’amour et d’amitié, tout paraît banal. Katerina, une patiente atteinte du VIH, et Hyppolite Vodeni, ex agent d’entretien de Donatien Elpida devenu employé au réfectoire des patients, mettent au clair leur relation : ils ne sont pas fait pour s’aimer de cette façon. De plus, Agnès Dessanges, ex secrétaire de Donatien Elpida et meilleure amie d’Hyppolite éprouve des sentiments pour Katerina. Hyppolite désire plus que tout qu’elles puissent vivre leur histoire d’amour, même si ça lui demande d’être seul… Quoique, Aida Al-Deena, la cuisinière pour Donatien Elpida, nouvelle employée, a tapé dans l’oeil d’Hyppolite et ces deux-là semblent commencer une belle histoire … Des relations interdites se ficellent dans le secret : le Génie et La Cannibale s’embrassent pour la première à l’abri des regards, Ulysse et Atsuka Nozomi, médecin titulaire, peuvent s’épanouir lorsqu’Ulysse est à Harvard …

Des amitiés se rôdent en plus des histoires d’amour : Sheila et Katerina, Aeden et Nevrabriel à force de travailler ensemble dans la forêt sont comme des frères, Aeden et La Cannibale laissent tomber la haine et finissent par trouver dans leur relation de l’amitié. Mais l’amitié, c’est aussi en secret … Comme Nevrabriel, patient chéri de Donatien Elpida, qui, après des évènements importants, glisse discrètement des origamis à Agnès pour lui remonter le moral.
Des relations plus formelles s’inscrivent dans l’histoire de l’Institut : Alexander devient le patient de la terrible sorcière Margaret Hernandez en guise de punition, et Katerina Soukhovo-Koblyn la patiente de Victor Graham, ophtalmologue de renom. La médecine avance: Victor Graham fait des avancées prodigieuses sur le SIDA, et Ange Barrabil saura implanter un cœur bionique à sa patiente Ophelia Rosedbury au printemps 2020.

Parce que des événements importants, derrière ces belles histoires, il y en a. Le départ d’Adèlys en mars 2019 en a intrigué plus d’un, et a eu un impact sur son médecin (et intrinsèquement, sur l'Institut) : Donatien Elpida, devenu directeur pour remplacer son père absent depuis janvier. De plus, son patient Nevrabriel dit “Pavot” lui formule son besoin de partir un moment avant de revenir, blessant son médecin. Celui-ci n’arrivera à guérir que grâce à la présence de Lucy, dit Edelweiss, et la nouvelle venue Béatrice, dit Myosotis. Mais il vit toujours mal et offre le poste de directeur remplaçant à son plus proche ami : Ange Barrabil, jeune chirurgien. Cette décision ne fait pas l’unanimité, mais elle amènera du bon à l’Institut. Agnès Dessanges deviendra la secrétaire d’Ange, et la haine qu’elle avait contre lui se dissipe. Les patients se portent mieux sans les directives oppressantes d’Elpida junior et cela les confortent à enquêter sur Adèlys Valcourt et l’Institut. La Cannibale et Aeden enquêtent durant l'automne sur la drôle de pièce qu’il y a dans le couloir du dernier étage du bâtiment du personnel et y trouvent une chambre en pagaille avec un fauteuil roulant et des traces de sang. Ange les sauve malgré lui des vigiles et s’intéresse lui aussi à cette drôle de chambre… Que s'y est-il passé ?
En parallèle, Aeden continue de recruter des révolutionnaires, notamment Sheila et Naito. Alexander, dit le Génie et Cap, reprend le Journal Clandestin et, après un premier temps en solitaire, décide de partager le travail d’écriture avec Aeden et la Cannibale.

Puis Donatien Elpida finit par se faire rattraper sa folie : le jour d’Halloween, il veut punir Amalia Reano, une patiente qu’il voit comme sa Némésis, en la brutalisant sur une estrade dans la cour. Elle est secourue par Victor Graham et Ange Barrabil. Si Ange essaiera de calmer les tensions, Victor infligera une blessure à son collègue Elpida. Suite à cela, Victor censé être licencié part de l’Institut avec Amalia Reano, sa patiente qui vivait dans l’asile. Donatien, lui, sera démis de ses fonctions, d’autres s’occuperont des ses patients et il devra suivre une thérapie.
La tension monte : Aeden et Nevrabriel en profitent pour aller rapidement inspecter le bureau de Donatien. Visiblement, il cacherait quelque chose au lac … Finalement, Aeden fera une tentative de suicide, Nevrabriel qui était réfractaire à la Révolution par la rejoindra en début d'année 2020 et Lilith, la grande soeur d’une patiente décédée mystérieusement, est embauchée ...

Et le premier mai 2020 marque un tournant : le directeur fait son retour en grandes pompes, et ce n’est pas le seul : Victor Graham revient sous conditions et Amalia Reano est embauchée avec méfiance à l’Institut. Deux réunions se font en parallèle : d’un côté le directeur réunit ses meilleurs membres pour éteindre définitivement les étincelles de rébellion alors que les révolutionnaires se retrouvent dans la grotte clandestine pour échafauder un plan. Ces réunions achèvent de convaincre les plus douteux, comme Ulysse, et chacun trouve sa place. Des leaders se hissent comme le Génie, la Cannibale et Aeden ; un camp neutre se forme du côté des personnels avec Agnès et Ange qui refusent la situation en opposition aux médecins impliqués pour calmer les patients comme Graham, Elpida, Hernandez, Vitols …
Ange se dénoncera-t-il à la police pour ses actes ? Les patients mèneront-ils une Révolution sans blesser personne ? Qu'est-il arrivé à Adèlys Valcourt ? Quels secrets peuvent être encore percés à l'Institut ? Certains vont-ils partir ? D'autres personnes importantes vont-elles rejoindre ce lieu ?